El Parque Nacional de Calilegua, el más extenso del noroeste argentino, abarca 76.320 hectáreas de relieves abruptos. Está localizado en las yungas del sudeste de la provincia de Jujuy, a diez kilómetros de la ciudad de Libertador General San Martín, sobre los faldeos orientales de las Serranías de Calilegua. Como consecuencia de las importantes diferencias de altura, una considerable diversidad de microclimas se concentran en una limitada zona. Excepto en los sectores más altos, el clima es cálido y húmedo, con precipitaciones estivales de entre 900 y 1300 mm. Hasta una altura de 500 metros crece la llamada selva de transición. Entre los 500 y los 1.800 metros se ubica la selva de montaña o yunga que es, junto a la selva paranaense, uno de los dos ambientes de mayor biodiversidad de la Argentina. De los 1.800 hasta los 2.500 el bosque montano con alisos y pinos criollos. Desde los 2.500 metros hacia las cimas, los pastizales andinos. El área fue declarada parque nacional en 1979 para proteger una muestra representativa de la yunga o selva de montaña, así como las nacientes de la cuenca hídrica que irriga una extensa área.
Se llega por la Ruta Nacional 34 que pasa al pie de las Serranías de Calilegua. Por esta ruta se puede continuar hacia el sur y el oeste hasta San Salvador de Jujuy, distante unos 115 kilómetros del Parque. Hacia el norte la Ruta se dirige hacia la frontera de Salta con Bolivia, distante unos doscientos kilómetros. Entre la ciudad de Libertador General San Martín y el pueblo de Calilegua nace, hacia el oeste, la Ruta Provincial 83, que atraviesa el Parque hacia las localidades de San Francisco, Valle Grande, Pampichuela y otras.
Algunos de los mamíferos típicos de esta reserva son el yaguareté (Panthera onca), el ocelote (Leopardus pardalis), el tapir (Tapirus terrestris), el lobito del río (Lontra longicaudis), el murciélago hocicudo (Anoura caudifer), que se alimenta de néctar al tiempo que poliniza las flores, haciendo posible la reproducción de ciertas especies vegetales. En a zona alta de los pastizales habita la taruca (Hippocamelus antisensis), también llamada huemul del norte o venado andino, declarada Monumento Natural Nacional. Unas 400 especies de aves fueron contabilizadas en el parque. Se pueden mecionar, como ejemplo, el tucán grande (Ramphastos toco), la pava de monte alisera (Penelope dabbenei), el jote real (Sarcoramphus papa), el batará gigante (Batara cinerea) y varias especies de picaflores y pájaros carpinteros. Entre los roedores se encuentran el acutí rojo (Dasyprocta punctata) y el tuco-tuco yungueño (Ctenomys). También habita el Parque la rana marsupial (Gastrotheca marsupiata), ahora registrada también en otros sitios.

La región fue habitada por el hombre desde tiempos remotos, por eso aparecen numerosos vestigios arqueológicos diseminados en las faldas bajas, próximas a los terrenos más llanos y por tanto más aptos para el cultivo. La disposición de los sitios y los materiales arqueológicos, como piezas cerámicas y hachas de piedra, se encuadran en las características correspondientes a las sociedades guaraníticas o guaranizadas que habitaron en la región de yungas del norte argentino. Muchos de los habitantes actuales de la región son descendientes de esos antiguos pueblos americanos.
El relieve del parque es quebrado, con cañadones abruptos formados por arroyos y ríos de pronunciada pendiente. Hay también elevados cordones montañosos con picos de más de 3.000 metros de altura. Sobresalen por su magnitud los Cerros Hermoso, Amarillo y Morro Alto y la Serranía del Socavón.
Desde las montañas descienden varios arroyos, ríos y cauces pluviales que llevan sus aguas a los ríos San Lorenzo y Ledesma en el sur y al río de las Piedras en el norte. Todos son afluentes del río San Francisco, que discurre hacia el noreste para unirse a su vez con el Bermejo.
La mayor parte del Parque está cubierta por la profusa vegetación típica de las yungas que, por causa del difícil acceso, se encuentra muy poco alterada por la acción humana.