En el complejo arqueológico de Huachichocana, la cueva II se encuentra muy próxima a la I, en el mismo nivel de terraza. Es un reparo de andesita que tiene siete metros de abertura y cuatro de profundidad. Sus paredes interiores se hallan fuertemente ahumadas y no muestran rastros de arte rupestre.
En la Cueva II se realizó una excavación de dos por dos metros contra la pared rocosa del fondo. Esa labor arrojó cuatro capas naturales con restos culturales y una quinta, infértil. La cuarta de las capas, la D, fue subdividida, por causa de su excesivo espesor y, según la aparición de sucesivas lentes de fogón, en cuatro sub-capas. Se llegó a una profundidad de 152 centímetros sin registrarse hallazgo alguno.
Frente a las cuevas puede observarse una superficie más o menos libre de escombros de diecinueve metros de ancho. Sobre ella hay algunas disposiciones de piedras grandes que parecen responder a alguna razón relacionada con el cultivo. Una de esas piedras, por lo sobresaliente, asume las características de un verdadero menhir.
Los hallazgos se hicieron por capas. La capa A es actual. En las restantes se encontró:
Capa B: maíz, restos de cactus pasacana, huesos de camélidos, lascas de cuarcita y obsidiana, punta de proyectil triangular pedunculada, fragmentos de recipientes de calabaza, elementos para la obtención de fuego, punta de proyectil de hueso, cerámica tosca y pulida (castaña y negra), cerámica decorada incisa en línea, pintada negro sobre rojo, estilo Hornillos.
Capa C: maíz, huesos de camélidos, lascas de cuarcita, sílice y obsidiana. Puntas de proyectil triangulares apedunculadas, cuenta de collar de pizarra, cerámica tosca, pulida (negro, castaño y rojo), incisa en línea, corrugada en el borde, negro sobre rojo, estilo Hornillos.
Capa D: huesos de camélidos, lascas de cuarcita, sílice, basalto y obsidiana, puntas triangulares pedunculadas, colgante de pizarra, punzón de madera, trozos de nácar, cerámica tosca, gris pulida, incisa en línea.
Toda la ocupación de la Cueva II pertenece a pueblos agro-alfareros, aunque la de la capa D denotaría ser aún pre-humahuaca y continuadora de las técnicas de talla lítica, precerámicas. Tentativamente, a la capa más profunda, se la data unos 500 años después de Cristo.
Esta cueva fue excavada por el método estratigráfico de remoción de capas naturales. Lo realizó Alicia Ana Fernández Distel en el marco de un proyecto mayor, que incluía el estudio arqueológico integral de la zona.

Este artículo es una adaptación de su homónimo, publicado por Alicia Ana Fernández Distel en Jujuy – Diccionario Arqueológico – Jujuy – 1997.